Meilleur logiciel Comptabilité pour Kinésithérapeute (Top 10 2026)

Ce comparatif du meilleur comptabilité kinésithérapeute couvre uniquement les outils comptables BNC : suivi des recettes, charges déductibles, cotisations CARPIMKO et déclaration 2035. Les logiciels de gestion de cabinet (agenda, SESAM-Vitale) sont hors périmètre.

Un kiné libéral titulaire consacre en moyenne plusieurs heures par mois à ses obligations fiscales. Avec un logiciel adapté au régime BNC, cette charge tombe à moins de 30 minutes par semaine grâce à la synchronisation bancaire et à la catégorisation automatique.

Ce guide compare 10 solutions avec leurs prix vérifiés en juin 2026, leurs fonctionnalités et leur adéquation aux différents profils de kinés — du remplaçant en micro-BNC au kiné titulaire en SEL.

Consultez aussi nos guides sur les logiciels de comptabilité et le hub logiciels pour kinésithérapeute.

Ce que doit gérer un logiciel de comptabilité pour kinésithérapeute

Un kinésithérapeute libéral a des obligations comptables distinctes de celles d’un commerçant. Voici les fonctionnalités non négociables en 2026.

Régime BNC en trésorerie. Un kiné libéral n’enregistre que ce qui est encaissé et décaissé — pas de créances clients, pas de dettes fournisseurs. Le logiciel applique cette règle automatiquement à chaque import bancaire.

Déclaration 2035 automatisée. La 2035 est le document fiscal central de tout kiné en déclaration contrôlée. Un bon logiciel la génère depuis vos mouvements bancaires et assure la télétransmission sans saisie manuelle.

Pas de TVA sur les honoraires. L’article 261-4 du CGI exonère les actes de kinésithérapie de TVA. Votre logiciel ne doit générer aucune TVA sur vos honoraires.

Simulation des cotisations CARPIMKO et URSSAF. Ces cotisations pèsent lourd dans le budget d’un kiné libéral. Un logiciel qui les simule en temps réel — retraite de base, complémentaire, invalidité-décès — vous évite les mauvaises surprises en fin d’année.

Export FEC conforme. Indispensable pour votre AGA ou votre expert-comptable. Un clic doit suffire pour générer le Fichier des Écritures Comptables dans le format requis.

Compatibilité avec votre structure. Cabinet individuel, SCM, SEL — chaque structure a ses règles propres. Vérifiez la compatibilité avant de vous engager.

Tableau comparatif des 10 meilleurs logiciels comptabilité pour kinés

Synthèse : Indy domine pour les kinés libéraux individuels qui veulent une solution BNC autonome avec déclaration 2035 automatisée. Self-Med est la référence pour les kinés qui veulent un outil 100 % santé avec rapprochement NOEMIE. Comptasanté est le choix de référence pour ceux qui préfèrent déléguer à un expert-comptable spécialisé santé.

Fiche n°1 — Indy (notre sélection)

Indy est le leader du marché des logiciels de comptabilité en ligne pour professions libérales en France, avec plus de 300 000 indépendants utilisateurs. Spécialiste des BNC depuis 2016, la solution propose une page dédiée aux masseurs-kinésithérapeutes.

Ce qui distingue Indy : l’automatisation de la déclaration 2035 à partir des flux bancaires importés. Le kiné catégorise ses opérations en quelques clics, et Indy génère la 2035 pré-remplie ainsi que la 2042-C-PRO pour la déclaration de revenus. La télétransmission vers l’AGA ou l’administration fiscale est incluse dans le plan Premium.

Fonctionnalités clés : synchronisation bancaire en temps réel, catégorisation automatique des charges déductibles (CARPIMKO, frais de déplacement, matériel), tableau de bord des cotisations estimées, livre des recettes conforme. Le plan Essentiel (gratuit) inclut la comptabilité automatisée et la facturation électronique — un point d’entrée sans risque.

Simulation des cotisations : Indy affiche en temps réel une estimation des cotisations URSSAF et CARPIMKO à venir en fonction des recettes encaissées. Pour un kiné qui veut piloter sa trésorerie sans attendre la régularisation annuelle, c’est un différenciateur important.

Profil idéal : kiné libéral individuel en BNC réel qui veut gérer sa comptabilité en autonomie sans formation préalable.

Limites : Indy n’intègre pas nativement le rapprochement NOEMIE (tiers payant) ni les spécificités des rétrocessions d’honoraires entre confrères. Pour ces besoins, Self-Med est plus adapté.

Tarifs 2026 (HT, sans engagement, 30 jours satisfait ou remboursé) :

• Essentiel : gratuit — comptabilité automatisée, facturation électronique, compte pro inclus
• Plus : à partir de 9 €/mois — signature électronique, relances automatiques, accompagnement personnalisé
• Premium : à partir de 22 €/mois — déclarations fiscales, 2035 incluse, télétransmission, livre des recettes
• Option Expert-Comptable : à partir de 39 €/mois — délégation complète à un expert-comptable partenaire

Fiche n°2 — Self-Med

Self-Med est un logiciel de comptabilité en ligne conçu exclusivement pour les professionnels de santé libéraux. Sa spécialisation santé le rend particulièrement pertinent pour les kinés qui veulent un outil qui comprend nativement leur environnement de facturation.

Ce qui distingue Self-Med : la gestion du rapprochement bancaire des flux NOEMIE (tiers payant Assurance Maladie), l’automatisation en 2 minutes par semaine selon l’éditeur, et la gestion des structures SEL et SCM. Ces fonctionnalités sont intégrées sans paramétrage complexe.

Fonctionnalités clés : import automatique des flux bancaires, affectation intelligente des transactions, gestion des immobilisations et amortissements, suivi des indemnités kilométriques, génération du FEC conforme. Self-Med gère les déclarations 2035 et produit les états comptables requis par les AGA et experts-comptables.

Structures gérées : cabinet individuel, SCM (déclaration 2036), SEL. Particulièrement adapté aux cabinets de groupe avec plusieurs associés.

Profil idéal : kiné titulaire en cabinet qui veut une solution 100 % santé avec gestion du tiers payant, ou kiné exerçant en SEL ou SCM.

Limites : les tarifs ne sont pas publiés sur le site, ce qui rend la comparaison difficile. Un essai gratuit de 15 jours est disponible avant tout engagement. Contacter le service commercial pour un devis adapté à votre structure.

Tarifs 2026 : sur devis — essai gratuit 15 jours disponible sur le site.

Fiche n°3 — Pennylane

Pennylane est une plateforme de comptabilité pour professions libérales, reconnue pour son interface moderne et sa collaboration avec les experts-comptables. La solution est certifiée PDP par la DGFiP pour la facturation électronique.

Ce qui distingue Pennylane : la qualité de son moteur de rapprochement bancaire automatique et la plateforme de collaboration en temps réel avec votre expert-comptable. Si vous travaillez avec un cabinet externe, Pennylane vous permet de partager accès et documents sans envois de fichiers.

Fonctionnalités pour les kinés : synchronisation bancaire multibanque, catégorisation automatique des opérations, gestion des déclarations BNC 2035, export FEC, tableaux de bord de trésorerie. La conformité à la facturation électronique 2026 est assurée nativement pour les kinés qui facturent des structures publiques ou des mutuelles.

Profil idéal : kiné qui travaille avec un expert-comptable actif et veut une plateforme de collaboration performante, ou cabinet de groupe ayant besoin d’un outil multiutilisateurs avancé.

Limites : Pennylane n’est pas spécialisé santé. Les modules CARPIMKO et NOEMIE nécessitent un paramétrage manuel. Le rapport qualité/prix devient moins favorable pour un kiné solo par rapport à Indy.

Tarifs 2026 (HT, essai gratuit 15 jours) :

• Basique : 14 €/mois — facturation, gestion des dépenses
• Essentiel : 24 €/mois — synchronisation bancaire, automatisations
• Premium : 79 €/mois — module comptable complet, multi-utilisateurs illimité

Fiche n°4 — Dougs

Dougs est l’expert-comptable en ligne le plus utilisé en France, avec plus de 49 000 clients. Sa plateforme combine un logiciel de tenue comptable et un accès à des experts-comptables agréés, avec un plan spécifiquement calibré pour les entrepreneurs individuels en BNC.

Ce qui distingue Dougs : la combinaison d’un logiciel SaaS et d’un vrai cabinet d’expertise comptable inscrit à l’Ordre, avec des conseillers disponibles par chat et téléphone. Pour un kiné qui veut un interlocuteur humain sans payer les honoraires d’un cabinet traditionnel, Dougs représente un bon compromis.

Fonctionnalités BNC : synchronisation bancaire, catégorisation guidée des charges, génération et télétransmission de la déclaration 2035, bilan annuel transmis à l’administration fiscale, tableaux de bord de performance. Le plan inclut un conseil illimité par les experts-comptables du cabinet.

Profil idéal : kiné libéral qui veut déléguer une partie de sa comptabilité à des experts humains sans payer un cabinet traditionnel (1 500 à 3 000 € HT/an en cabinet classique).

Limites : Dougs n’est pas spécialisé santé. Les spécificités CARPIMKO et NOEMIE ne sont pas gérées nativement. Le plan de base ne couvre pas les structures SEL soumises à l’IS.

Tarifs 2026 (HT, essai gratuit 30 jours sans carte bancaire) :

• Pack Essentiel BNC : 49 €/mois — déclaration 2035, liasse fiscale, conseil illimité
• Pack Liberté : 79 €/mois — ajoute la gestion TVA et le suivi personnalisé avec expert dédié

Fiche n°5 — Comptasanté

Comptasanté est un cabinet d’expertise comptable en ligne créé exclusivement pour les professions libérales de santé : médecins, kinésithérapeutes, infirmiers, orthophonistes. Fondé par un expert-comptable spécialisé en comptabilité médicale, il se distingue par l’expertise humaine plutôt que par la technologie logicielle.

Ce qui distingue Comptasanté : vous externalisez votre comptabilité à des experts qui connaissent les flux NOEMIE, la CARPIMKO, et les structures SCM ou SEL des professionnels de santé. L’expert-comptable dédié prend en charge l’intégralité des déclarations.

Fonctionnalités : comptabilité complète BNC dématérialisée, gestion des structures SCM et SEL, déclarations 2035 et 2036 prises en charge par l’expert-comptable, suivi des cotisations sociales CARPIMKO et URSSAF. Tout est dématérialisé et sans déplacement.

Profil idéal : kiné installé avec une activité établie, qui préfère déléguer entièrement sa comptabilité et disposer d’un interlocuteur expert pour ses questions fiscales.

Limites : le coût est plus élevé que les solutions en autonomie. Comptasanté est un service comptable, pas un logiciel en libre-service — il dépend des délais du cabinet pour les réponses.

Tarifs 2026 (HT/mois, sans engagement) :

• Essentiel : 55 €/mois — suivi comptable de base
• Équilibre : 85 €/mois — expert-comptable dédié, suivi personnalisé
• Expert : 105 €/mois — structures complexes, SEL et SCM multi-associés

Fiches n°6 à 10 — Les autres solutions

Zefyr

Zefyr est un logiciel français de comptabilité qui inclut la gestion des liasses fiscales BNC (déclaration 2035) avec une tarification progressive selon le chiffre d’affaires. Le plan BNC en dessous de 50 000 € de CA coûte 25 € HT/mois ; entre 50 000 et 100 000 €, il monte à 35 € HT/mois. La télétransmission de la liasse fiscale est facturée en option à 55 € HT par exercice. Zefyr convient aux kinés à l’aise avec les outils comptables qui veulent une solution complète sans expert-comptable intégré.

Macompta.fr

Macompta.fr est la solution la plus économique pour tenir soi-même une comptabilité BNC complète, à partir de 6,67 € HT/mois. Elle intègre la déclaration 2035 et le FEC. Son interface est plus technique que celle d’Indy ou Zefyr — elle s’adresse aux kinés avec des notions comptables ou accompagnés d’un expert-comptable qui utilise déjà la plateforme.

Jungloo

Jungloo est un outil de comptabilité en ligne pensé pour les professions libérales en BNC. Le plan BNC réel est affiché à 20 € TTC/mois, sans engagement. L’interface simple guide l’utilisateur dans le suivi de ses recettes et de ses charges, avec préparation de la déclaration 2035. Jungloo convient à un kiné qui veut une alternative simple à Indy, avec une tarification TTC transparente sans frais cachés.

Swapn

Swapn cible les professions de santé libérales avec un abonnement à 29 € HT/mois. La liasse fiscale BNC est incluse et l’interface vise les non-comptables. Selon un comparatif indépendant de 2026, Swapn obtient 5/5 avec 762 avis — à évaluer si vous cherchez un outil entre la spécialisation de Comptasanté et l’autonomie d’Indy.

L-Expert Comptable

L-Expert Comptable est un cabinet d’expertise comptable en ligne, à partir de 79 € HT/mois. Vous transmettez vos relevés et justificatifs via l’interface ; l’expert-comptable gère la 2035 et les déclarations sociales. Bonne option pour déléguer à prix intermédiaire entre Dougs et un cabinet traditionnel.

Micro-BNC ou BNC réel : quel régime pour votre cabinet ?

Le choix du régime fiscal est la première décision à prendre avant de sélectionner un logiciel comptable. Les deux régimes n’ont pas les mêmes exigences en matière d’outils.

Le micro-BNC s’applique automatiquement si vos recettes annuelles restent sous 83 600 € en 2026 (seuil rehaussé pour 2026-2028). L’administration applique un abattement forfaitaire de 34 % sur vos recettes pour calculer votre bénéfice imposable. Pas de 2035 à déposer, pas de comptabilité formelle — seulement un livre des recettes et la déclaration des recettes brutes sur votre formulaire 2042-C-PRO.

Le BNC réel (déclaration contrôlée) devient obligatoire dès que vous dépassez ce seuil deux années de suite. Mais il est souvent plus avantageux bien avant : les charges réelles d’un kiné titulaire en cabinet représentent en moyenne 52 % de son chiffre d’affaires, selon les statistiques de l’UNASA. Avec un abattement forfaitaire limité à 34 %, rester en micro-BNC peut engendrer un surcoût fiscal annuel de 2 000 à 4 000 €.

Le basculement vers le BNC réel demande un logiciel capable de tenir la comptabilité de trésorerie, de gérer les immobilisations et de produire la 2035. Tous les outils de ce comparatif répondent à cette exigence.

Comment choisir selon votre profil de kiné

Kiné remplaçant ou en début d’activité : recettes sous 40 000-50 000 € et charges limitées ? Le micro-BNC suffit. Indy Essentiel (gratuit) ou Jungloo (20 € TTC/mois) couvrent les besoins. Un logiciel de facturation pour kinésithérapeute restera votre outil central.

Kiné titulaire en cabinet individuel : le BNC réel s’impose dès l’installation. Indy Premium (22 €/mois) offre le meilleur rapport qualité/prix en autonomie. Préférez Self-Med si vous gérez le tiers payant NOEMIE depuis votre outil comptable.

Kiné qui préfère déléguer : Comptasanté (55-105 €/mois) pour une expertise 100 % santé, Dougs (49 €/mois) pour un accompagnement BNC généraliste compétent à moindre coût.

Kiné en SEL ou SCM avec plusieurs associés : la SEL soumise à l’IS exige une comptabilité d’engagement complète. Pennylane ou Comptasanté s’adaptent mieux aux structures complexes que les outils BNC purs.

Kiné avec un expert-comptable déjà en place : Pennylane permet à votre expert-comptable d’accéder à votre espace en temps réel, sans échanges de fichiers.

CARPIMKO 2026 : ce que doit calculer votre logiciel

La CARPIMKO est la caisse de retraite obligatoire des auxiliaires médicaux libéraux. Les taux 2026 ont changé avec une réforme de la retraite complémentaire.

Retraite de base : 8,73 % du BNC jusqu’au PASS (48 060 € en 2026), puis 1,87 % au-delà.

Retraite complémentaire : la réforme 2026 uniformise le régime en un taux unique proportionnel de 8,70 % (suppression de la cotisation forfaitaire). Plancher : 2 091 € (0,5 PASS). Plafond : 12 544 € (3 PASS).

Invalidité-décès : cotisation forfaitaire annuelle de 1 022 €.

ASV (Avantage Social Vieillesse) : pour les kinés conventionnés — part adhérent 224 € forfait + 0,40 % des revenus conventionnés. La CPAM finance les deux tiers restants.

Ces cotisations sont intégralement déductibles dans votre déclaration 2035. Un logiciel adapté les simule en temps réel et les affecte aux bons postes de la 2035 sans saisie manuelle.

FAQ — Meilleur logiciel comptabilité kinésithérapeute

Quel logiciel de comptabilité pour un kinésithérapeute libéral ?

Indy mène en 2026 : déclaration 2035 automatisée, synchronisation bancaire, simulation CARPIMKO à partir de 22 € HT/mois. Pour un cabinet avec tiers payant NOEMIE ou une structure SEL/SCM, Self-Med est la meilleure alternative spécialisée santé.

Un kiné doit-il faire une déclaration 2035 ?

Obligatoire au-delà de 83 600 € de recettes en 2026. En dessous, le micro-BNC (abattement 34 %) reste possible — mais les charges réelles d’un kiné titulaire avoisinent 52 % du CA. Le régime réel est presque toujours plus avantageux.

Un kinésithérapeute paie-t-il la TVA ?

Non. L’article 261-4 du CGI exonère les actes de kinésithérapie de TVA. Votre logiciel de comptabilité ne doit générer aucune TVA sur vos honoraires.

Quelle différence entre Indy et Self-Med ?

Indy cible les professions libérales BNC en général : autonomie, interface simple, excellent rapport qualité/prix. Self-Med s’adresse uniquement aux professionnels de santé : rapprochement NOEMIE natif, gestion SCM et SEL sans configuration avancée. Optez pour Indy si vous privilégiez l’autonomie ; Self-Med si le tiers payant ou la multi-association sont des priorités.

Faut-il adhérer à une AGA en 2026 ?

Non. La réduction d’impôt de 915 € pour adhérents AGA disparaît depuis les revenus 2025. L’adhésion n’a plus d’avantage fiscal direct. Elle garde un intérêt pour les kinés qui souhaitent un contrôle externe de leur comptabilité.

Comment calculer les cotisations CARPIMKO 2026 ?

Retraite de base : 8,73 % jusqu’au PASS (48 060 €), puis 1,87 %. Complémentaire : 8,70 % proportionnel (réforme 2026). Invalidité-décès : 1 022 € forfait. Tous ces montants sont déductibles dans votre déclaration 2035.

Pour approfondir vos recherches, consultez notre comparatif du meilleur logiciel de comptabilité médecin et la référence Docaly sur le régime micro-BNC vs BNC réel pour kinés.