Meilleur logiciel Facturation pour Auto-entrepreneur (Top 10 2026)

Le meilleur logiciel facturation auto-entrepreneur simplifie la création de devis et de factures conformes, avec les mentions obligatoires spécifiques au régime de la micro-entreprise. La mention clé : “TVA non applicable, article 293 B du CGI” pour les auto-entrepreneurs en franchise de TVA.

Ce comparatif évalue 10 solutions pour les auto-entrepreneurs et micro-entrepreneurs français en 2026, des outils gratuits aux plateformes professionnelles.

Découvrez aussi notre sélection des logiciels pour auto-entrepreneur, notre guide des logiciels de facturation et notre comparatif des logiciels de comptabilité.

Les obligations de facturation d’un auto-entrepreneur

Numéro SIRET obligatoire. Chaque facture mentionne votre numéro SIRET à 14 chiffres. Sans SIRET, votre facture est invalide et votre client ne peut pas la comptabiliser.

Mention TVA. En franchise de TVA (CA sous 37 500 € pour les BNC ou 85 000 € pour les BIC), vous inscrivez la mention “TVA non applicable, art. 293 B du CGI”. Au-delà des seuils, vous collectez la TVA normalement.

Numérotation chronologique. Vos numéros de facture progressent sans interruption (FA2026-001, FA2026-002). Un logiciel attribue ces numéros automatiquement et vous empêche de créer des doublons.

Conservation 10 ans. Vous conservez toutes vos factures pendant 10 ans, sur support papier ou numérique. Un logiciel avec GED (gestion électronique des documents) allège cette obligation — voir l’article L123-12 du Code de commerce.

Délais de paiement. Vos conditions générales précisent le délai de règlement (30 jours par défaut) et les pénalités de retard (minimum 3 fois le taux d’intérêt légal). Ces mentions sont obligatoires pour les factures professionnelles (BtoB).

Tableau comparatif des 10 meilleurs logiciels

Synthèse : Indy domine grâce à sa combinaison facturation + comptabilité. Henrri reste la référence gratuite. Freebe et Abby ciblent les freelances avec une présentation soignée.

Points clés du comparatif :

• Meilleur tout-en-un : Indy (facturation + comptabilité, 9 €/mois)
• Meilleur gratuit : Henrri (facturation illimitée, 0 €/mois)
• Meilleure présentation : Freebe (devis professionnels, 9 €/mois)
• Meilleur pour SASU future : Pennylane (évolutif, 59 €/mois)

Fiche n°1 — Indy (notre sélection)

Indy est la solution la plus complète pour les auto-entrepreneurs qui cherchent à gérer à la fois leur facturation et leur comptabilité dans un seul outil. Sa connexion bancaire automatique importe les encaissements directement dans le livre de recettes.

Points forts : création de factures avec mentions AE automatiques, connexion bancaire (livre de recettes auto), alertes de seuils TVA, relances automatiques, application mobile, comptabilité BNC intégrée.

Limite principale : la personnalisation graphique des factures reste limitée dans les versions basses. Pour des devis avec logo et design personnalisé, Freebe ou Abby offrent plus de flexibilité.

Tarifs 2026 : plan gratuit (basique), 9 €/mois (Start), 29 €/mois (Pro avec comptabilité 2035), 39 €/mois (Business).

Fiche n°2 — Henrri

Henrri est la solution gratuite de référence pour les auto-entrepreneurs qui démarrent. Sa version gratuite couvre la facturation illimitée avec toutes les mentions légales obligatoires. L’interface claire guide le nouvel entrepreneur pas à pas.

Points forts : facturation illimitée gratuite, mentions AE pré-remplies, modèles de factures professionnels, envoi par email direct, gestion des clients et des produits.

Limite principale : les relances automatiques et le suivi des impayés nécessitent un abonnement payant. Le livre de recettes intégré reste basique dans la version gratuite.

Tarifs 2026 : version gratuite complète, 9 €/mois (Pro), 29 €/mois (Expert).

Fiche n°3 — Freebe

Freebe est le logiciel préféré des freelances créatifs et des consultants indépendants. Ses devis avec acomptes et ses factures au design professionnel donnent une image soignée à vos propositions commerciales.

Points forts : devis avec acomptes et signature électronique, suivi de projets et de temps, relances automatiques personnalisées, interface moderne et épurée, compatible iPad.

Limite principale : Freebe coûte plus cher qu’Indy pour des fonctionnalités comptables moins complètes. Si vous avez besoin du livre de recettes BNC, Indy reste plus pertinent.

Tarifs 2026 : 9 €/mois (Solo), 19 €/mois (Pro), 29 €/mois (Business).

Fiche n°4 — Abby

Abby cible les micro-entrepreneurs et les consultants avec une interface minimaliste et des devis esthétiques. Son CRM léger centralise les contacts clients et l’historique des interactions.

Points forts : interface épurée, devis avec signature électronique, CRM intégré, suivi des paiements en temps réel, relances automatiques à J+7, J+30.

Limite principale : la comptabilité reste basique et la connexion bancaire automatique n’est disponible qu’en version premium.

Tarifs 2026 : 9 €/mois (Start), 19 €/mois (Pro), 25 €/mois (Business).

Fiches n°5 à 10 — Les autres solutions

Tiime propose une version gratuite avec mentions AE conformes et une intégration forte avec les experts-comptables partenaires. Son interface est plus sobre que Henrri mais plus fiable pour les questions de conformité comptable.

Pennylane est surdimensionné pour un auto-entrepreneur en micro. Il devient pertinent si vous planifiez une transition en SASU dans les 12-18 mois. Son écosystème comptable simplifie la migration.

Axonaut cible les auto-entrepreneurs avec un portefeuille clients B2B actif. Son CRM avancé suit les opportunités commerciales et les devis en cours.

Georges guide les nouveaux entrepreneurs avec un onboarding très assisté. Son prix est légèrement plus élevé qu’Indy pour des fonctionnalités similaires.

QuickBooks manque de la mention “TVA non applicable art. 293 B CGI” en automatique. Une configuration manuelle est nécessaire — peu adapté aux débutants.

Dougs inclut un expert-comptable, ce qui est excessif pour un régime micro. À réserver pour votre transition vers une société.

Choisir selon votre activité et vos clients

Prestation de services BtoC (particuliers) : Indy ou Henrri. Les factures simples avec mention TVA et numérotation chronologique suffisent.

Prestation de services BtoB (entreprises) : Freebe ou Abby. Les devis professionnels avec conditions générales et relances automatiques sont indispensables.

Activité créative (graphisme, photo, vidéo) : Freebe ou Abby. La personnalisation graphique des devis et factures reflète votre image de marque.

Activité avec stock (artisan, revendeur BIC) : Indy Pro. Le registre des achats et le suivi de stock complètent la facturation classique.

FAQ — Facturation et conformité auto-entrepreneur

La mention “TVA non applicable” est-elle obligatoire ?

Oui, si vous êtes en franchise de TVA (CA sous les seuils légaux). La mention exacte est : “TVA non applicable, article 293 B du CGI”. Sans cette mention, votre facture est incomplète et votre client peut la refuser. Votre logiciel intègre cette mention automatiquement selon votre statut.

Comment créer un avoir en auto-entrepreneur ?

Un avoir annule tout ou partie d’une facture déjà émise. Vous ne supprimez jamais une facture — vous créez un avoir avec un numéro séquentiel lié à la facture d’origine. Indy, Henrri et Freebe créent des avoirs en un clic depuis la facture concernée.

Peut-on envoyer des factures par email depuis son logiciel ?

Oui, tous les logiciels du comparatif envoient les factures directement par email depuis leur interface. Le client reçoit un PDF avec un lien de paiement en ligne (Stripe, PayPal). L’accusé de réception et la date d’ouverture sont tracés dans votre tableau de bord.

FAQ — Prix et logiciels gratuits

Quel est le meilleur logiciel de facturation gratuit pour auto-entrepreneur ?

Henrri propose la version gratuite la plus complète : facturation illimitée, modèles professionnels, envoi par email, gestion des clients. Tiime a aussi un plan gratuit fiable. Indy offre une version gratuite mais ses fonctionnalités avancées (relances, comptabilité) nécessitent un abonnement payant.

À partir de quel moment faut-il passer à un logiciel payant ?

Dès que vous avez plus de 5 clients actifs ou que vous émettez plus de 10 factures par mois, un abonnement à 9-19 €/mois devient rentable. Les relances automatiques, le suivi des impayés et le tableau de bord vous font gagner plusieurs heures par mois.

Pour planifier votre passage à la TVA, consultez les taux et plafonds sur urssaf.fr.