Meilleur logiciel Comptabilité pour Freelance (Top 10 2026)

Le meilleur logiciel comptabilité freelance doit s’adapter à votre statut juridique — auto-entrepreneur, BNC, EURL ou SASU — et couvrir les spécificités fiscales de chaque régime. Un freelance en SASU n’a pas les mêmes obligations qu’un auto-entrepreneur, et aucune solution ne convient à tous les profils.

Ce comparatif présente 10 logiciels évalués sur leurs forces pour les freelances et consultants indépendants français en 2026.

Retrouvez aussi notre page sur les logiciels pour freelance, notre guide sur les logiciels de comptabilité et notre comparatif des logiciels de facturation.

Les obligations comptables selon votre statut

Auto-entrepreneur (micro-BNC ou micro-BIC). Vous tenez un livre de recettes chronologique. Pas de bilan ni de compte de résultat. Déclaration trimestrielle ou mensuelle du CA brut à l’URSSAF.

BNC au réel (déclaration 2035). Vous enregistrez vos recettes et vos dépenses professionnelles réelles. Le bénéfice imposable = recettes - dépenses déductibles. Votre logiciel doit gérer le plan comptable BNC et produire la déclaration 2035.

EURL ou SASU. Vous tenez une comptabilité complète : journal, grand livre, bilan, compte de résultat. Un expert-comptable est fortement recommandé. Votre logiciel collabore avec lui en temps réel.

Portage salarial. Pas de comptabilité indépendante — la société de portage s’en charge. Un outil de suivi de chiffre d’affaires suffit.

Tableau comparatif des 10 meilleurs logiciels

Synthèse : Indy domine pour les freelances en BNC et auto-entrepreneur grâce à sa connexion bancaire et ses alertes fiscales. Freebe complète avec une facturation professionnelle avancée. Pennylane s’impose pour les SASU avec expert-comptable.

À retenir : en dessous de 37 500 € de CA, Indy gratuit ou Freebe à 9 €/mois suffisent pour vos obligations légales. Au-delà, ou en société, montez vers Pennylane ou Dougs.

Points clés du comparatif :

• Meilleur pour BNC au réel : Indy (génération 2035 automatique, 29 €/mois)
• Meilleur pour SASU/EURL : Pennylane (collaboration expert-comptable, 59 €/mois)
• Meilleur rapport qualité/prix : Freebe (BNC + facturation avancée, 9 €/mois)
• Meilleur gratuit : Tiime (BNC basique, 0 €/mois)

Fiche n°1 — Indy (notre sélection)

Indy couvre tous les statuts de freelance : auto-entrepreneur, BNC au réel (déclaration 2035), EURL et SASU. Sa connexion bancaire automatique, ses alertes de seuils TVA et son interface simple en font le logiciel le plus polyvalent du marché pour les indépendants français.

Points forts : couverture multi-statuts (BNC, SASU, auto-entrepreneur), connexion bancaire automatique avec tous les établissements bancaires, génération automatique de la déclaration 2035, alertes de seuils TVA personnalisables, accès expert-comptable.

Limite principale : la facturation d’Indy est basique dans les versions inférieures. Pour des devis complexes avec acomptes ou récurrence, Freebe ou Pennylane sont plus adaptés.

Tarifs 2026 : plan gratuit (basique), 9 €/mois (Start+), 29 €/mois (Pro avec 2035), 39 €/mois (Business avec accompagnement).

Fiche n°2 — Freebe

Freebe combine la comptabilité BNC et la facturation avancée dans une interface orientée freelance. Son suivi de projets et de temps intégré en fait le choix idéal des consultants et freelances créatifs qui facturent à l’heure ou au projet.

Points forts : facturation avancée (devis, acomptes, récurrence), suivi de temps et de projets, livre de recettes BNC intégré, interface soignée et intuitive, exports compatibles avec les experts-comptables.

Limite principale : Freebe ne couvre pas la comptabilité SASU complète (bilan, compte de résultat). Pour une société, il faut compléter avec un expert-comptable ou passer sur Pennylane.

Tarifs 2026 : 9 €/mois (Solo), 19 €/mois (Pro), 29 €/mois (Business).

Fiche n°3 — Pennylane

Pennylane est le standard des freelances en SASU ou EURL qui collaborent avec un expert-comptable. Sa plateforme collaborative permet à votre comptable d’accéder directement aux données bancaires, aux factures et aux pièces justificatives.

Points forts : interface expert-comptable, connexion bancaire automatique, gestion TVA complète, rapports financiers avancés (trésorerie, résultat), export FEC certifié, intégration Stripe pour les freelances avec revenus récurrents.

Limite principale : Pennylane est surdimensionné pour un auto-entrepreneur ou un BNC simple. Son prix (59 €/mois minimum) le réserve aux SASU et EURL avec un volume d’activité suffisant.

Tarifs 2026 : 59 €/mois (Expert), 99 €/mois (Business), 199 €/mois (Business Pro).

Fiche n°4 — Dougs

Dougs inclut un expert-comptable dédié dans toutes ses formules, ce qui le rend idéal pour les freelances en SASU qui n’ont pas encore de comptable. Il prend en charge la TVA, le bilan annuel et la liasse fiscale.

Points forts : expert-comptable inclus, gestion complète (TVA, bilan, liasse), interface accessible aux non-comptables, tarifs transparents.

Limite principale : Dougs ne couvre pas les besoins BNC spécifiques (déclaration 2035) dans toutes ses formules. Vérifiez votre besoin exact avant de souscrire.

Tarifs 2026 : 49 €/mois pour une EURL ou SASU simple.

Fiches n°5 à 10 — Les autres solutions

Tiime propose une version gratuite fonctionnelle pour les BNC et auto-entrepreneurs, avec une intégration forte avec les experts-comptables partenaires Tiime.

Abby cible les freelances créatifs avec une facturation esthétique et une interface épurée. Sa comptabilité reste basique — adaptée aux micro-BNC, pas aux SASU.

Georges couvre l’ensemble des statuts avec un onboarding rapide. Son prix est plus élevé que Indy, mais son accompagnement client est plus personnalisé.

Axonaut convient aux freelances avec un portefeuille clients actif (CRM intégré, devis, commandes). Sa comptabilité est moins avancée que Pennylane sur les besoins SASU.

QuickBooks reste peu adapté aux spécificités françaises (BNC, 2035, liasse fiscale). Convient si votre expert-comptable l’utilise déjà.

Henrri est limité à la facturation simple et au livre de recettes auto-entrepreneur. Ne couvre pas les BNC au réel ni les sociétés.

Choisir selon votre statut

Auto-entrepreneur (micro-BNC) : Indy ou Henrri. Priorité au livre de recettes conforme et aux alertes de seuils TVA à 37 500 €.

BNC au réel (déclaration 2035) : Indy (Pro) ou Freebe. La génération automatique de la 2035 et le suivi des charges déductibles sont critiques.

EURL ou SASU : Pennylane ou Dougs. La comptabilité complète et la collaboration expert-comptable justifient l’investissement.

FAQ — Statut et obligations comptables

Quelle différence entre BNC et auto-entrepreneur pour la comptabilité ?

Un auto-entrepreneur en micro-BNC déclare son CA brut et paye des cotisations proportionnelles (21,1 % en 2026 pour les BNC). Un BNC au réel déclare ses recettes moins ses dépenses réelles. Le BNC au réel est avantageux si vos charges dépassent 34 % du CA.

Quel logiciel utiliser pour la déclaration 2035 en BNC ?

Indy (formule Pro à 29 €/mois) et Tiime sont les solutions les plus complètes pour la déclaration 2035. Ils génèrent automatiquement les lignes de la 2035 depuis vos relevés bancaires. Un expert-comptable reste recommandé pour valider la déclaration finale.

Pour les détails réglementaires, consultez le guide liasse fiscale BNC sur impots.gouv.fr.

Comment gérer les notes de frais en tant que freelance ?

En auto-entrepreneur, les notes de frais ne sont pas déductibles (l’abattement forfaitaire couvre tout). En BNC au réel ou en société, chaque dépense professionnelle se documente avec une facture. Indy et Pennylane proposent une application mobile pour photographier et classer les justificatifs directement.

Faut-il un expert-comptable en tant que freelance ?

En auto-entrepreneur, un expert-comptable est facultatif mais utile pour optimiser votre passage au réel. En BNC au réel ou en société, il devient pratiquement indispensable. Des solutions comme Dougs (expert inclus) ou Pennylane (accès partagé) rendent cette collaboration plus accessible.

FAQ — Logiciels et TVA

Comment gérer la TVA quand on passe du micro-BNC au BNC réel ?

Le passage au réel implique souvent le passage à la TVA si votre CA dépasse 37 500 €. Vous collectez la TVA sur vos factures et la déduisez sur vos achats professionnels.

Votre logiciel comptable calcule automatiquement votre TVA nette chaque trimestre — consultez les modalités sur le portail des impôts pour la déclaration CA3. La transition nécessite une mise à jour de vos templates de facturation et une information à vos clients.

Indy ou Freebe pour un freelance en BNC ?

Indy est plus complet sur la comptabilité BNC pure (génération automatique de la 2035, connexion bancaire multi-banque, alertes de seuils). Freebe excelle sur la facturation et le suivi de projets. Si vous avez plus de 10 clients actifs et facturez par projet, Freebe est plus adapté. Pour la conformité fiscale et les déclarations, choisissez Indy.