La comptabilité d’un kinésithérapeute libéral repose sur un régime fiscal et social spécifique que peu de logiciels généralistes traitent correctement. En tant que professionnel de santé, le kiné relève des Bénéfices Non Commerciaux (BNC) et bénéficie d’une exonération de TVA sur ses honoraires. Il cotise également à la CARPIMKO, caisse de retraite complémentaire des auxiliaires médicaux. Ces trois particularités changent fondamentalement la façon de tenir la comptabilité.
Choisir un logiciel de comptabilité adapté à un kinésithérapeute permet de piloter simplement ses recettes, ses charges déductibles et ses cotisations sans passer des heures sur des déclarations complexes. Ce guide compare cinq solutions particulièrement adaptées aux kinés libéraux en 2026.
Ce qu’un kinésithérapeute attend d’un logiciel de comptabilité
Les contraintes fiscales et sociales des auxiliaires médicaux libéraux sont bien différentes de celles d’un commerçant ou d’une société.
Le régime BNC et la comptabilité de trésorerie. Un kiné libéral ne tient pas de comptabilité d’engagement (pas de créances clients, pas de dettes fournisseurs). Il enregistre uniquement ce qui est encaissé et ce qui est décaissé. Cette simplicité apparente demande néanmoins un logiciel qui édite la déclaration 2035 (feuillet BNC) et le livre des recettes conforme.
L’exonération de TVA. Les honoraires de kinésithérapie ne supportent pas de TVA (CGI art. 261-4). Un logiciel comptable ne doit pas générer de TVA collectée sur ces recettes, et l’interface doit refléter ce régime dès la configuration du compte.
La gestion des cotisations CARPIMKO. La CARPIMKO constitue la caisse obligatoire des auxiliaires médicaux pour la retraite de base complémentaire, l’invalidité et le décès. Le logiciel doit calculer les cotisations sur les honoraires nets et les enregistrer comme charges déductibles dans la déclaration 2035. Un bon logiciel kiné propose un tableau de bord des cotisations avec simulation en temps réel.
La collaboration avec l’URSSAF et la CPAM. Un kiné conventionné facture en grande partie à l’Assurance Maladie. Le logiciel doit faciliter le rapprochement entre les remboursements reçus et les honoraires facturés. Certains logiciels se connectent directement aux flux de télétransmission (SESAM-Vitale) pour automatiser ce rapprochement.
Les meilleures solutions pour kinésithérapeute
| Logiciel | Points forts kiné | Prix d’entrée | Idéal pour |
|---|---|---|---|
| Indy | Spécialisé libéral BNC, déclaration 2035 automatique | 29 € HT/mois | Kinés libéraux individuels |
| Pennylane | Collaboration expert-comptable, PDP agréé, synchro bancaire | 49 € HT/mois | Kinés avec expert-comptable actif |
| Sage 50 | Multi-utilisateurs, gestion avancée, robustesse | Dès 12,50 € HT/mois | SEL, SCP et cabinets de groupe |
| L-Expert Comptable | Interface simple, export FEC, bon rapport qualité-prix | ~20 € HT/mois | Kinés avec comptabilité externalisée |
| Abby | Facturation + comptabilité BNC intégrées, interface mobile | Dès 9 € HT/mois | Kinés en début d’activité ou AE |
Indy est devenu la référence des professions libérales BNC en France. Il cible les indépendants — médecins, kinés, infirmiers, consultants — et génère automatiquement la déclaration 2035 à partir des flux bancaires importés. Les kinés apprécient particulièrement la simulation des cotisations sociales en temps réel pour anticiper leur charge fiscale.
Pennylane ne propose pas de module 2035 natif. Son moteur de rapprochement bancaire automatique et sa plateforme de collaboration avec les experts-comptables en font un choix solide pour les kinés qui délèguent leur comptabilité à un cabinet. Son statut de PDP agréée par la DGFiP constitue un atout pour la facturation électronique à venir.
Sage 50 s’adresse aux structures plus complexes : Société d’Exercice Libéral (SEL), Société Civile Professionnelle (SCP) ou cabinet avec plusieurs kinés associés. Sa richesse fonctionnelle (analytique, multi-entités, tableaux de bord) dépasse les besoins d’un kiné solo mais est pertinente dès que plusieurs associés partagent les résultats.
L-Expert Comptable convient aux kinés qui confient entièrement leur comptabilité à un cabinet et cherchent un outil simple pour suivre leurs recettes au quotidien. Il produit un export FEC conforme et son interface ne nécessite aucune formation.
Solutions pour les kinésithérapeutes en début d’activité
Abby combine facturation et comptabilité dans une interface mobile-first pensée pour les indépendants. Pour un kiné en début d’activité ou sous statut auto-entrepreneur, c’est un point d’entrée accessible avant de migrer vers un outil plus complet. Abby gère nativement le régime BNC sans configuration supplémentaire, avec une prise en compte de l’exonération de TVA.
Comment choisir un logiciel de comptabilité pour votre cabinet kiné
Trois questions permettent de cibler rapidement la bonne solution.
Gérez-vous vous-même votre comptabilité ? Si oui, Indy ou Abby offrent la meilleure autonomie pour un kiné BNC : déclaration 2035 automatisée, simulation des cotisations, interface simple. Si vous déléguez à un cabinet, Pennylane ou L-Expert Comptable avec espace de collaboration sont plus adaptés.
Exercez-vous seul ou en groupe ? Pour un cabinet individuel, Indy couvre 95 % des besoins. Pour une SEL ou une SCP, Sage 50 offre les fonctionnalités multi-associés indispensables à la répartition des bénéfices et à la tenue des comptes sociaux.
Avez-vous besoin de gérer la facturation CPAM ? Si vous souhaitez connecter directement votre outil comptable à la télétransmission SESAM-Vitale, vérifiez les intégrations disponibles. Des logiciels métier comme Doctolib Gestion ou Oxypharm proposent ce pont, mais leur module comptable reste limité — une intégration avec Indy ou Pennylane peut être nécessaire.
Pour aller plus loin, consultez le hub logiciels pour kinésithérapeute et notre guide de la catégorie comptabilité.