Logiciel Paie Expert-Comptable : Comparatif et Prix 2026

Choisir un logiciel paie expert-comptable répond à deux besoins bien distincts : produire la paie des clients du cabinet, et gérer celle de ses propres salariés. Silae, ISAPAYE ou Wagyz couvrent la paie déléguée multi-mandant, tandis que PayFit, Sage ou Cegid conviennent davantage à une paie interne classique.

Ce guide compare les solutions disponibles en 2026 pour un cabinet d’expertise comptable, avec leurs tarifs connus et leurs spécificités multi-mandant. Il détaille aussi les critères pour choisir selon la taille et le positionnement du cabinet.

Consultez aussi notre hub des logiciels pour expert-comptable pour une vue d’ensemble complète de la stack technique du cabinet, de la production comptable à la facturation électronique.

Deux besoins distincts : la paie des clients et la paie du cabinet

Un cabinet d’expertise comptable emploie ses propres collaborateurs, mais il produit aussi la paie pour le compte de ses clients. Ces deux missions ne mobilisent pas les mêmes outils.

• La paie déléguée (ou paie externalisée) désigne la production de bulletins pour des dizaines, parfois des centaines de dossiers clients. Elle exige un outil multi-mandant, capable de gérer simultanément de nombreuses conventions collectives différentes.
• La paie interne du cabinet concerne uniquement les salariés du cabinet lui-même : collaborateurs, assistants, gestionnaires de paie. Une seule convention collective s’applique généralement, ce qui simplifie le paramétrage.

Certains cabinets choisissent un outil unique pour les deux usages. D’autres séparent volontairement leur solution de production paie déléguée de leur propre gestion RH interne, notamment pour des raisons de gouvernance des accès ou de séparation des données clients.

Quelle que soit la configuration retenue, la déclaration sociale nominative mensuelle reste obligatoire pour chaque entité employeuse, y compris pour le cabinet en tant qu’employeur de ses propres salariés.

Les meilleurs logiciels de paie pour cabinet d’expertise comptable

Six solutions se partagent le marché de la paie pour cabinets d’expertise comptable en 2026, avec des positionnements distincts entre paie déléguée spécialisée et paie généraliste.

Silae : la référence de la paie déléguée

Silae s’est imposé comme une référence du marché de la paie confiée aux cabinets d’expertise comptable. L’éditeur revendique plusieurs milliers de cabinets partenaires en France, déployant ses solutions auprès d’environ un million d’entreprises clientes au total.

Points forts. Conception nativement multi-mandant, pensée pour la production en volume. Couverture étendue de conventions collectives, mise à jour régulièrement. Écosystème de partenaires certifiés pour l’accompagnement au déploiement.

Limite. Silae ne se vend pas directement aux entreprises hors cabinet. La tarification n’est pas publiée en grille ouverte et nécessite un contact commercial pour obtenir un devis adapté au volume du cabinet.

ISAPAYE (AGIRIS) : l’intégration à la suite de production

ISAPAYE Connect, la solution paie d’AGIRIS, est disponible en mode 100 % SaaS. Elle s’intègre à l’écosystème complet de l’éditeur, aux côtés de la production comptable et du portail collaboratif client.

Points forts. Gestion des cotisations des travailleurs non salariés en plus de la paie classique. Prévisionnel de fin de carrière disponible. Intégration native avec les autres modules AGIRIS pour les cabinets déjà équipés de cette suite.

Limite. L’intérêt de l’outil est maximal pour les cabinets déjà engagés dans l’écosystème AGIRIS. Un cabinet équipé d’une autre suite de production devra évaluer le coût d’une intégration multi-éditeurs.

Wagyz : la plateforme construite par et pour les cabinets

Wagyz se positionne comme une solution 100 % SaaS conçue avec la profession comptable. Des cabinets peuvent devenir clients ou actionnaires de la plateforme.

Points forts. Gestion du cycle de vie complet du salarié, simulations budgétaires et accompagnement juridique en droit social intégré. Gouvernance associant directement des cabinets d’expertise comptable au développement du produit.

Limite. Solution plus récente que Silae sur le marché, avec un écosystème de partenaires encore en construction. La tarification n’est pas publiée et nécessite une démonstration commerciale.

Sage, Cegid, PayFit : les généralistes accessibles aux petits cabinets

Ces trois éditeurs proposent des offres de paie plus généralistes. Elles conviennent à un petit cabinet qui gère peu de dossiers clients, ou uniquement sa propre paie interne.

PayFit facture un forfait de base à partir de 39 euros HT par mois, complété d’un tarif par salarié pouvant atteindre 180 euros HT selon la taille de la structure. Son interface simple convient à un cabinet qui gère sa paie interne en autonomie.

Sage propose plusieurs gammes de paie, de 15 à 200 euros HT par mois selon le niveau choisi, un atout pour un cabinet déjà équipé d’outils Sage côté comptabilité.

Cegid couvre la paie avec une fourchette de 40 à 300 euros HT par mois selon la gamme retenue, positionnée sur les structures qui recherchent une couverture fonctionnelle large.

Comparatif des solutions de paie pour cabinet comptable

Le tableau ci-dessous synthétise les six solutions selon les critères déterminants pour un cabinet.

• Une solution de paie déléguée (Silae, ISAPAYE, Wagyz) est un outil multi-mandant conçu pour produire les bulletins de nombreux dossiers clients depuis une seule interface.
• Une solution de paie généraliste (PayFit, Sage, Cegid) convient davantage à la paie interne du cabinet ou à un petit volume de dossiers clients.

Les critères de choix d’un logiciel de paie pour un cabinet

Le bon choix dépend avant tout du volume de dossiers clients gérés et de l’organisation interne du cabinet.

• Le volume de dossiers en paie déléguée. Un cabinet qui produit la paie de nombreux clients a besoin d’un outil multi-mandant robuste comme Silae, ISAPAYE ou Wagyz plutôt que d’une solution généraliste.

• L’intégration avec la suite de production existante. Un cabinet déjà équipé d’une suite comme AGIRIS a intérêt à évaluer en priorité le module de paie du même éditeur, pour limiter les doubles saisies.

• La couverture des conventions collectives. Plus le portefeuille clients du cabinet est diversifié en secteurs d’activité, plus la couverture conventionnelle de l’outil doit être large et régulièrement mise à jour.

• Le portail collaboratif client. La capacité à partager bulletins et documents avec le client final, sans passer par des échanges d’e-mails, devient un argument commercial pour le cabinet lui-même.

• La séparation entre paie déléguée et paie interne. Certains cabinets préfèrent isoler la gestion de leur propre paie de celle de leurs clients, pour des raisons de confidentialité ou de simplicité de paramétrage.

Combien coûte un logiciel de paie pour cabinet d’expertise comptable ?

Le coût dépend fortement du modèle choisi et du volume de bulletins traités chaque mois par le cabinet.

Pour la paie déléguée, les éditeurs spécialisés comme Silae, ISAPAYE ou Wagyz pratiquent une tarification sur devis, généralement indexée sur le nombre de bulletins produits ou le nombre de mandats gérés. Cette approche permet d’ajuster le coût au volume réel d’activité du cabinet.

Pour une paie généraliste, comptez généralement entre 15 et 300 euros HT par mois selon l’éditeur et la gamme choisie, auxquels s’ajoute parfois un coût par salarié. Ce modèle convient à un petit cabinet ou à la gestion de la seule paie interne.

En résumé, deux fourchettes de coût coexistent sur ce marché :

• Paie déléguée (Silae, ISAPAYE, Wagyz) : tarification sur devis, indexée sur le volume de dossiers.
• Paie généraliste (PayFit, Sage, Cegid) : de 15 à 300 euros HT par mois selon la gamme.

Dans les deux cas, le cabinet répercute généralement ce coût dans ses honoraires de production paie facturés aux clients, ce qui en fait un poste à intégrer directement dans sa politique tarifaire.

Payer et déclarer la paie de son propre cabinet

Un cabinet d’expertise comptable est lui-même un employeur dès qu’il salarie des collaborateurs, assistants ou gestionnaires de paie. Il est soumis aux mêmes obligations que n’importe quelle entreprise.

La DSN mensuelle doit être transmise avant le 15 du mois suivant pour les structures de moins de 50 salariés, avant le 5 pour celles qui dépassent ce seuil. Un défaut de dépôt expose à une pénalité de 20,02 euros par salarié, et un retard à 60 euros par salarié et par mois.

Une convention collective nationale peut encadrer la classification et la rémunération du personnel des cabinets d’expertise comptable. Son applicabilité exacte dépend de la structure juridique et de l’activité précise du cabinet. Une vérification directe auprès de l’URSSAF ou d’un confrère spécialisé en droit social reste recommandée avant toute décision de classification.

Pour approfondir la gestion administrative du cabinet, consultez nos pages logiciel de comptabilité pour expert-comptable et logiciel de facturation pour expert-comptable. Notre catégorie logiciels de paie offre aussi un panorama généraliste des solutions du marché.

Questions fréquentes

Quel logiciel de paie utilisent la plupart des cabinets d’expertise comptable ?

Silae occupe une position dominante sur ce marché, avec plusieurs milliers de cabinets partenaires en France selon l’éditeur. D’autres solutions comme ISAPAYE d’AGIRIS ou Wagyz gagnent du terrain, notamment auprès des cabinets qui cherchent une alternative intégrée à leur suite de production ou une gouvernance différente.

Un cabinet d’expertise comptable a-t-il besoin d’un logiciel de paie différent pour ses propres salariés ?

Pas nécessairement d’un outil séparé, mais d’une distinction claire des usages. La paie déléguée pour les clients exige un outil multi-mandant capable de gérer des dizaines de conventions collectives. La paie interne du cabinet, elle, ne concerne qu’une seule structure et peut parfois être traitée avec un module plus simple, notamment chez les petits cabinets.

Combien coûte un logiciel de paie pour un cabinet d’expertise comptable ?

La tarification varie fortement selon le modèle. Les éditeurs spécialisés dans la paie déléguée comme Silae ou ISAPAYE pratiquent une tarification sur devis, généralement au bulletin ou à l’abonnement selon le volume du cabinet. Les solutions généralistes comme PayFit se facturent plutôt par salarié, avec un forfait de base autour de 39 euros HT par mois.

Faut-il un logiciel multi-mandant pour produire la paie de ses clients ?

Oui, dès que le cabinet gère la paie de plusieurs clients depuis une même interface. Un logiciel multi-mandant permet de basculer d’un dossier client à un autre sans ressaisie et d’appliquer la convention collective propre à chaque client. Il permet aussi de suivre l’avancement de chaque production depuis un tableau de bord unique.