L’entreprise individuelle (EI) est la forme juridique la plus répandue en France, mais aussi l’une des plus mal servies par les logiciels comptables généralistes. Entre le régime micro (simple mais limité), le régime réel simplifié (obligations intermédiaires) et le régime réel normal (comptabilité complète), les besoins varient considérablement. À cela s’ajoute la réforme de 2022 qui a unifié le statut EI en supprimant l’EIRL — une simplification bienvenue qui ne dispense pas de bien choisir son outil comptable.
Ce guide compare cinq solutions adaptées aux entrepreneurs individuels en 2026, de l’artisan en micro-entreprise au commerçant au régime réel simplifié avec un CA de 300 000 €.
Ce qu’une entreprise individuelle attend d’un logiciel de comptabilité
Les entrepreneurs individuels ont des besoins comptables qui évoluent avec leur croissance.
La gestion du régime fiscal (micro vs réel). Un entrepreneur individuel peut être au régime micro (comptabilité simplifiée, abattement forfaitaire) ou au régime réel (comptabilité de trésorerie ou d’engagement selon le niveau). Le logiciel doit s’adapter au régime choisi et idéalement permettre la transition sans reconfiguration complète.
La séparation du patrimoine personnel et professionnel. Depuis la réforme de 2022, l’EI bénéficie d’une séparation automatique du patrimoine. Pour que cette protection soit efficace, il est indispensable de tenir une comptabilité séparée et d’avoir un compte bancaire professionnel dédié. Un logiciel qui croise les relevés bancaires pro et perso brouille cette séparation et fragilise la protection juridique.
La liasse fiscale (2031 BIC ou 2035 BNC). À la clôture de l’exercice, l’entrepreneur individuel au régime réel doit déposer sa liasse fiscale. Pour les activités commerciales et artisanales (BIC), c’est la 2031. Pour les professions libérales (BNC), c’est la 2035. Un logiciel qui génère ces déclarations automatiquement ou simplifie leur préparation fait gagner plusieurs heures de travail.
La TVA selon le régime. Un entrepreneur individuel au régime réel est soumis à la TVA dès que son CA dépasse les seuils (37 500 € HT pour les services, 85 000 € HT pour les ventes en régime simplifié). La déclaration CA12 (annuelle simplifiée) ou CA3 (mensuelle) doit être gérée par le logiciel.
Les meilleures solutions pour entreprise individuelle
Cinq logiciels comptables sélectionnés pour le statut EI, de 0 à 39 € HT/mois.
| Logiciel | Points forts EI | Prix d’entrée | Idéal pour |
|---|---|---|---|
| Indy | BIC/BNC, liasse fiscale, synchro bancaire, FEC | Gratuit / 12 € HT/mois | EI micro ou régime réel simplifié |
| Pennylane | Collab expert-comptable, TVA, tableau de bord | 14 € HT/mois | EI avec CA > 80 000 € ou TVA |
| L-Expert Comptable | Comptable dédié inclus, liasse fiscale, déclarations | 30 € HT/mois | EI qui veut déléguer |
| Tiime | Simple, factures, synchro bancaire | Gratuit / 9 € HT/mois | EI micro, activité simple |
| Sage 50 | Comptabilité complète, analytique, robuste | 39 € HT/mois | EI avec activité complexe ou forte TVA |
Analyse détaillée des solutions
Indy est la solution la plus adaptée aux entrepreneurs individuels autonomes. Il gère les deux régimes (micro et réel simplifié), produit la liasse fiscale 2031 ou 2035, synchronise les relevés bancaires et génère les déclarations de TVA. À 12 € HT/mois, c’est l’outil le plus complet pour le budget d’une EI en régime réel simplifié qui ne veut pas payer un expert-comptable pour des tâches routinières.
Pennylane devient pertinent lorsque l’EI dépasse 80 000 € de CA ou entre dans un régime de TVA mensuel. Ses tableaux de bord trésorerie en temps réel et la collaboration avec un expert-comptable en font un outil de pilotage adapté aux entrepreneurs dont l’activité croît rapidement.
L-Expert Comptable est un hybride entre logiciel et cabinet comptable. L’abonnement inclut un expert-comptable qui prend en charge les déclarations fiscales, la liasse et la télétransmission. Idéal pour l’entrepreneur individuel qui préfère se concentrer sur son activité et déléguer entièrement l’administratif fiscal.
Tiime cible les EI en micro-entreprise avec une interface épurée. Sa version gratuite couvre la facturation et le suivi du CA. Limité pour les besoins du régime réel, mais suffisant pour les profils sans TVA et sans obligations comptables formelles.
Sage 50 convient aux entrepreneurs individuels avec une activité commerciale ou artisanale complexe — plusieurs lignes de produits, gestion des stocks, analytique par chantier ou par client. Son prix plus élevé se justifie pour les EI avec un CA supérieur à 200 000 € ou un comptable interne.
Comment choisir selon votre situation
Micro-entreprise (CA sous les seuils). Indy gratuit ou Tiime gratuit. La comptabilité est allégée — un livre de recettes suffit légalement. Priorité à la facturation et au suivi du CA pour anticiper le dépassement des seuils.
EI au régime réel simplifié, activité libérale (BNC). Indy plan payant. La comptabilité de trésorerie, la 2035 et la synchronisation bancaire couvrent tous les besoins d’une profession libérale en EI sans passer par un expert-comptable.
EI au régime réel simplifié, activité commerciale ou artisanale (BIC). Indy plan payant ou Pennylane. Le BIC impose un bilan et un compte de résultat complets — vérifiez que votre outil gère les amortissements et les stocks si nécessaire.
EI avec TVA mensuelle et CA > 150 000 € HT. Pennylane ou Sage 50. La gestion de la CA3 mensuelle, des acomptes de TVA et de la trésorerie nécessite un outil robuste et des tableaux de bord en temps réel.
Pour aller plus loin, consultez notre hub logiciels pour entreprise individuelle, le guide complet de la catégorie comptabilité et la définition du bilan comptable.