Logiciel Facturation pour Agence web

Choisir un logiciel facturation agence web adapté revient à trouver l’outil qui gère les devis, les factures d’acompte et le suivi des paiements. Il doit aussi assurer la conformité e-facture 2026, prendre en charge la facturation au forfait comme en régie, et rattacher chaque document à un projet.

Une agence digitale jongle entre refontes de sites, développements sur mesure, campagnes SEA et contrats de maintenance récurrents. Gérer cette diversité avec un tableur multiplie les erreurs et fait perdre la visibilité sur la rentabilité par mission. Ce comparatif analyse cinq solutions françaises adaptées aux agences web en 2026.

Pourquoi un logiciel de facturation adapté aux agences web

Les agences web ne facturent pas comme un commerce de détail. Leurs besoins de facturation présentent des particularités que les outils généralistes couvrent mal. Comprendre ces spécificités permet de choisir le bon outil dès le départ.

La facturation par projet. Chaque mission génère un cycle complet : devis initial avec conditions générales de vente (CGV), acompte de 30 à 40 %, factures intermédiaires, solde à la livraison. Le logiciel doit rattacher chaque document commercial à un dossier projet pour calculer la marge réelle.

La double logique forfait et régie. Certains clients veulent un prix fixe pour une refonte de site, d’autres préfèrent payer au taux journalier moyen (TJM) multiplié par les jours réellement passés. L’outil doit supporter ces deux modes de facturation sans bricolage.

Un même devis peut combiner les deux approches quand une mission mêle développement au forfait et accompagnement en régie. Cette flexibilité distingue les logiciels pensés pour les prestations de services de ceux conçus pour le négoce.

Le suivi du temps passé. Sans time tracking intégré ou connecté, impossible de vérifier qu’un projet en régie est correctement facturé. Les agences qui ne mesurent pas le temps découvrent souvent trop tard qu’un forfait a dépassé le budget prévu. Ce suivi est aussi la base du calcul de rentabilité par collaborateur.

Mentions obligatoires et conformité

Chaque facture de prestation intellectuelle doit comporter des mentions spécifiques. On y retrouve le numéro de facture, la date d’exécution, le taux de TVA applicable, les pénalités de retard et l’indemnité forfaitaire de recouvrement. Un bon logiciel intègre ces éléments automatiquement.

La préparation à la facture électronique. Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent recevoir des factures électroniques au format structuré (Factur-X, UBL ou CII).

L’émission devient obligatoire en septembre 2027 pour les TPE et PME, selon le calendrier publié par l’Urssaf. Choisir dès maintenant une plateforme agréée par la DGFiP évite une migration dans l’urgence.

Les meilleurs logiciels de facturation pour agence web

Cinq outils se distinguent pour les agences digitales en 2026 :

• Axonaut : CRM + facturation + comptabilité, tarif par entreprise.
• Pennylane : synchronisation comptable avec le cabinet, dès 14 EUR/mois.
• Sellsy : suite CRM et facturation pour équipes de cinq personnes et plus.
• Tiime : plan gratuit avec facturation illimitée et e-facture incluse.
• Henrri : 100 % gratuit, sans limite de documents ni d’utilisateurs.

Axonaut

Axonaut réunit CRM, devis, facturation, comptabilité et suivi de trésorerie dans une seule plateforme française. Pour une agence web, son atout principal est la gestion de projet intégrée. Vous créez un devis, le convertissez en bon de commande, puis générez les factures d’acompte et le solde depuis le même dossier client.

Le module de suivi du temps permet de saisir les heures par projet et par collaborateur. Cette donnée alimente directement le calcul de rentabilité : vous voyez en temps réel si un forfait reste dans les clous ou si une mission en régie dépasse le budget prévu.

Le modèle tarifaire repose sur un abonnement par entreprise, pas par siège. Comptez 34,99 EUR HT/mois avec un engagement annuel pour un utilisateur, puis 10 EUR par collaborateur supplémentaire. Ce tarif dégressif avantage les agences de quatre à dix personnes.

Axonaut est immatriculé comme plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) agréée par la DGFiP. Les devis intègrent automatiquement les CGV et les mentions obligatoires pour les prestations intellectuelles. Un essai gratuit de 15 jours est proposé.

Pennylane

Pennylane se positionne sur la collaboration en temps réel entre l’entreprise et son expert-comptable. L’agence saisit ses factures, le logiciel synchronise automatiquement les écritures comptables avec le cabinet. Cette fluidité réduit les allers-retours en fin de mois et accélère les clôtures.

Le plan Basique à 14 EUR HT/mois couvre la création de devis, la facturation et la synchronisation bancaire. Le plan Essentiel à 24 EUR HT/mois ajoute les relances automatisées de paiement et le prévisionnel de trésorerie. Ces deux fonctions sont particulièrement utiles quand les délais de paiement des clients s’allongent au-delà de 30 jours.

Pennylane gère nativement le format Factur-X et les flux de e-facturation. La plateforme est agréée (PA) par la DGFiP. Un plan gratuit existe pour les micro-entrepreneurs, et un essai de 15 jours est disponible pour les autres plans.

Sellsy

Sellsy combine CRM, pipeline commercial, facturation et suivi de trésorerie dans une suite intégrée. Pour une agence web structurée avec une équipe commerciale, cette solution couvre le cycle complet de la prospection à l’encaissement.

Le logiciel permet de créer des devis détaillés par phase de projet, de les convertir en factures avec échéancier, et de suivre les encaissements par affaire. Les rapports de rentabilité par client ou par type de prestation aident à identifier les missions les plus profitables.

Le plan Standard démarre à 49 EUR HT par utilisateur et par mois avec un engagement annuel. Un minimum de deux utilisateurs est requis, soit un budget mensuel de 98 EUR HT minimum.

Cette tarification par siège pèse davantage que les alternatives pour les petites structures. Elle se justifie pour les agences de cinq collaborateurs et plus qui exploitent le CRM intégré et le marketing automation. Sellsy est plateforme agréée DGFiP.

Tiime

Tiime propose un plan gratuit qui inclut la facturation illimitée et la conformité e-facture. Pour une agence web en lancement ou une structure de deux à trois personnes, cette offre couvre les besoins de base sans aucun engagement.

Le plan Smart à 17,99 EUR HT/mois ajoute la comptabilité, les notes de frais et un compte professionnel intégré. Le tarif évolue selon la taille de l’entreprise : 17,99 EUR pour zéro à un salarié, 29,99 EUR pour deux à cinq salariés, 49,99 EUR pour six à vingt salariés. Chaque palier débloque l’accès multi-utilisateur adapté à la taille de l’équipe.

Tiime ne propose pas de gestion de projet ni de time tracking intégré. Pour une agence qui facture en régie, un outil externe de suivi du temps sera nécessaire. La plateforme est agréée par la DGFiP.

Henrri

Henrri est un logiciel de facturation entièrement gratuit, sans limite de factures, de devis ni d’utilisateurs. Édité par le groupe Rivalis, spécialiste du conseil aux TPE depuis 1994, il finance son modèle par les services d’accompagnement.

Plus de 226 000 entreprises utilisent Henrri au quotidien. Le logiciel couvre les devis, factures, avoirs, relances de paiement et rapprochement bancaire. La personnalisation des documents avec le logo de l’agence est incluse, ce qui renforce l’image professionnelle auprès des clients.

La conformité à la facture électronique 2026 est assurée via une intégration gratuite avec Pennylane. Henrri convient parfaitement à une petite agence de deux à quatre personnes cherchant un outil fiable sans budget logiciel. La limite se situe dans l’absence de CRM et de gestion de projet.

Tableau comparatif des solutions

Un logiciel de facturation pour agence web se distingue sur cinq critères : le prix, la gestion projet, le suivi du temps, la facturation mixte et la conformité e-facture. Trois éléments orientent la décision :

• Budget limité : Henrri et Tiime (gratuits) couvrent les besoins de base sans engagement financier.
• Gestion projet intégrée : Axonaut et Sellsy rattachent les factures aux projets et suivent la rentabilité.
• Collaboration comptable : Pennylane synchronise les écritures avec le cabinet en temps réel.

Comment choisir le bon outil pour votre agence

La sélection repose sur trois critères principaux :

• Taille de l’équipe : moins de 3 personnes, privilégiez Henrri ou Tiime (gratuits). De 4 à 10, Axonaut offre le meilleur rapport qualité-prix. Au-delà, Sellsy s’impose.
• Mode de facturation dominant : forfait seul ou mixte forfait et régie (Axonaut, Sellsy).
• Besoin comptable : collaboration étroite avec un expert-comptable (Pennylane) ou gestion autonome.

Une agence de deux personnes n’a pas les mêmes exigences qu’une structure de dix développeurs avec un pôle commercial dédié.

Facturation au forfait ou en régie

Le mode de facturation conditionne le choix de l’outil. Si votre agence facture principalement au forfait (prix fixe par projet), tous les logiciels de ce comparatif conviennent. Vous créez un devis détaillé avec les conditions générales de vente, le client valide, et vous émettez les factures selon l’échéancier prévu.

La facturation en régie (TJM multiplié par les jours passés) demande un lien direct entre le time tracking et l’émission de factures. Axonaut et Sellsy proposent cette mécanique nativement. Pour Pennylane, Tiime et Henrri, un outil de suivi du temps externe (Toggl, Clockify, Harvest) complété par un export reste la pratique courante.

Beaucoup d’agences combinent les deux modes selon les clients et les projets. Pour un développement sur mesure, le forfait rassure le client. Pour de l’accompagnement SEO ou de la maintenance corrective, la régie reflète mieux la réalité du travail.

Vérifiez que l’outil choisi gère les deux logiques sans multiplier les manipulations. La possibilité de passer d’un mode à l’autre sur un même client simplifie considérablement la gestion administrative au quotidien.

Suivi du temps passé et rentabilité projet

Facturer correctement ne suffit pas. Connaître la rentabilité de chaque mission exige de comparer le temps réellement passé au temps vendu. Prenons un exemple concret : une agence vend un site vitrine au forfait à 5 000 EUR mais y consacre 15 jours de travail. Avec un TJM interne de 450 EUR, la perte atteint 1 750 EUR.

Axonaut inclut un module de suivi du temps par projet et par collaborateur. Le calcul de marge s’affiche en temps réel dans le tableau de bord. Sellsy offre des rapports de rentabilité par affaire avec un historique complet des temps saisis.

Pour Pennylane, Tiime et Henrri, le suivi du temps passe par un outil tiers connecté via API ou export CSV. Cette configuration fonctionne, mais elle demande une discipline de saisie quotidienne de la part de chaque membre de l’équipe.

Consultez notre sélection des logiciels pour agence web pour identifier des outils de gestion de projet complémentaires, et notre page sur le logiciel comptabilité agence web pour la partie tenue comptable.

Conformité facture électronique 2026

Depuis le 1er septembre 2026, votre agence doit être en mesure de recevoir des factures électroniques structurées via une plateforme agréée. L’obligation d’émettre des e-factures s’appliquera en septembre 2027 pour les TPE et PME.

Les cinq logiciels de ce comparatif sont des plateformes agréées par la DGFiP (PDP ou PA). En les adoptant dès maintenant, vous couvrez l’obligation de réception et vous préparez l’émission sans migration supplémentaire. Vérifiez simplement que le format de sortie (Factur-X, UBL ou CII) correspond aux exigences de vos clients.

Pour une vue d’ensemble de la catégorie, consultez notre hub des logiciels de facturation. Si vous travaillez seul, nos pages sur la facturation freelance et la facturation startup proposent des comparatifs adaptés à ces profils.

Relances automatiques et suivi de trésorerie

Les retards de paiement constituent un problème récurrent pour les agences web. Un client qui règle sa facture à 60 jours au lieu de 30 impacte directement la trésorerie, surtout quand les salaires des développeurs tombent chaque mois.

Pennylane (plan Essentiel) et Axonaut intègrent des scénarios de relance automatisée. Vous définissez le calendrier : un rappel à échéance, une relance à J+7, une mise en demeure à J+30. Le logiciel envoie les emails sans intervention manuelle.

Sellsy va plus loin avec un tableau de bord de trésorerie prévisionnelle. Vous visualisez les encaissements attendus, les factures en retard et le solde prévisionnel sur les prochaines semaines. Pour les agences qui gèrent plusieurs projets en parallèle, cette visibilité aide à anticiper les creux de trésorerie.

Henrri et Tiime (plan gratuit) proposent des relances manuelles ou semi-automatiques. Le suivi de trésorerie reste basique, mais suffisant pour une petite structure qui facture moins de vingt clients par mois.

FAQ

Quel logiciel de facturation gratuit pour une agence web ?

Henrri est le seul logiciel 100 % gratuit sans limite de factures, de devis ni d’utilisateurs. Tiime propose également un plan gratuit avec facturation illimitée et conformité e-facture incluse. Ces deux solutions conviennent à une agence de moins de cinq personnes qui souhaitent démarrer sans budget logiciel.

Comment facturer un projet web au forfait et en régie dans le même outil ?

Axonaut et Sellsy permettent de créer des devis au forfait (prix fixe par projet) et des factures en régie (TJM multiplié par les jours passés) depuis le même compte. Vous définissez le mode de facturation par client ou par projet, et l’outil génère les documents avec les mentions obligatoires.

La facture électronique est-elle obligatoire pour les agences web en 2026 ?

Toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026. L’obligation d’émission entre en vigueur le 1er septembre 2027 pour les TPE et PME. Les cinq logiciels de ce comparatif sont des plateformes agréées par la DGFiP, ce qui couvre les deux obligations.